File1
1 14931 . A MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP 0/0:.
1 14933 . G MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
1 14934 . T MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
1 14975 . C MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
1 15021 . C AN=0 GT ./.
1 15211 . T MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
1 15212 . T MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
File2
1 14933 rs199856693 G A AR2=0;DR2=0.004;AF=0.018 GT:DS:GP 0|0:0.045
1 14975 rs11803341 C T AR2=0;DR2=0.001;AF=0.004 GT:DS:GP 0|0:0.009
1 15211 rs3982632 T G AR2=0;DR2=0.031;AF=0.426 GT:DS:GP 0|0:0.806
Expected output:
1 14931 . A MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP 0/0:.
1 14933 rs199856693 G A AR2=0;DR2=0.004;AF=0.018 GT:DS:GP 0|0:0.045
1 14934 . T MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
1 14975 rs11803341 C T AR2=0;DR2=0.001;AF=0.004 GT:DS:GP
0|0:0.009
1 15021 . C AN=0 GT ./.
1 15211 rs3982632 T G AR2=0;DR2=0.031;AF=0.426 GT:DS:GP
0|0:0.806
1 15212 . T MQ=37;MQ0=0;DP=3;AN=4 GT:DP ./.:.
So far I have not found a way to process that with awk. Help is much appreciated
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